La Fondazione Federico Zeri è una Fondazione partecipata dell'Università di Bologna. Il Rettore ne è il presidente. Per definire la propria attività, la Fondazione si avvale di un comitato scientifico internazionale formato dal direttore e da docenti e studiosi di chiara fama. Il Consiglio di Consultazione esprime parere obbligatorio sulle scelte strategiche della Fondazione e collabora con il Consiglio di Amministrazione e con il Direttore nella definizione dei programmi e delle attività della Fondazione.
Presidente
Giovanni Molari, Rettore dell'Università di Bologna
 
Presidente onorario
Anna Ottani Cavina, Università di Bologna, emerito
 
Direttore scientifico
Andrea Bacchi, Università di Bologna

Direttore amministrativo
Fabrizio Zanotti
 
Consiglio di Consultazione
Giovanni Molari, Presidente
Anna Maria Ambrosini Massari
Barbara Abbondanza Maccaferri
Francesca Baldassari
Francesco Citti
Giovanna Forlanelli Rovati
Romano Volta
 
Consiglio di Amministrazione
Giovanni Molari, Presidente
Barbara Abbondanza Maccaferri
Andrea Bacchi
Giuliana Benvenuti
Fabrizio Zanotti
 
Collegio dei revisori
Alessandro Saccani
Maria Antonietta Scazzi 
Claudio Travaglini
 
Collegio Scientifico
Anna Maria Ambrosini Massari, Università di Urbino
Andrea Bacchi, Università di Bologna
Daniele Benati, Università di Bologna
Francesco Caglioti, Scuola Normale Superiore di Pisa
Andrea De Marchi, Università di Firenze
Anne-Lise Desmas, J. Paul Getty Museum, Los Angeles
David Freedberg, Italian Academy at Columbia University, New York, Direttore
Aldo Galli, Università di Trento
Elio Garzillo, già Ministero per i Beni e le Attività culturali
Mina Gregori, Fondazione Roberto Longhi, Firenze, Presidente
Mauro Natale, Università di Ginevra
Simonetta Prosperi Valenti Rodinò, Università di Roma Tor Vergata
Pierre Rosenberg de l'Académie française, Museo del Louvre, Presidente onorario
Neville Rowley, Gemäldegalerie e Bode-Museum, Berlino