La bibliografia di Federico Zeri, pur ricchissima di contributi scientifici, rispecchia solo in parte l’ampiezza dei suoi studi. Non tutte le sue ricerche sono infatti sfociate in pubblicazioni, di molte intuizioni o scoperte rimane testimonianza unicamente nella sua straordinaria fototeca.
Un capitolo importante della sua bibliografia è costituito dagli innumerevoli interventi sulla stampa dove Zeri ha riversato la passione e l’impegno civile a difesa del patrimonio italiano.
Nel 2022 è uscito il volume Bibliografia di Federico Zeri a cura di Elisabetta Sambo
La prima bibliografia completa, aggiornata e commentata degli scritti di Zeri: monografie, saggi, articoli, comprese le riedizioni e traduzioni e la pubblicistica. Una produzione assai vasta e ancora attuale.
Molti dei suoi testi sono considerati un punto di riferimento per la ricerca storico artistica, specialmente sulla pittura italiana dal XIII al XVII secolo.