Con testamento datato 29 settembre 1998 Federico Zeri lega all'Università di Bologna la sua villa di Mentana con la collezione di quasi 400 epigrafi romane, la biblioteca d'arte e la fototeca.
Alla base di tale scelta vi è il rapporto di stima e fiducia reciproca cresciuto negli anni tra Federico Zeri, la studiosa Anna Ottani Cavina e l'Università di Bologna, testimoniato dalla laurea ad honorem in Storia dell'arte conferita il 6 febbraio 1998 dal Rettore Fabio Roversi Monaco.
1999
L'Università di Bologna costituisce la Fondazione Federico Zeri riconosciuta dal Ministero per i Beni e le Attività culturali il 12 settembre 2000. Presidente il Rettore Fabio Roversi Monaco.
2001-2010
Presidente della Fondazione è il Rettore Pier Ugo Calzolari, che ha operato scelte strategiche decisive e assicurato ingenti risorse per l'avvio dell'attività scientifica.
2001
Anna Ottani Cavina fra i membri fondatori, è nominata direttore della Fondazione, incarico che mantiene fino al 2014.
2006
Viene inaugurata la sede della Fondazione nel Convento rinascimentale di Santa Cristina, nel centro storico di Bologna, dove si trova anche il Dipartimento delle Arti Visive, Performative, Mediali dell'Università.
2008
La Biblioteca e la Fototeca Zeri vengono aperte al pubblico.
2010
Il Rettore Ivano Dionigi è presidente della Fondazione.
2014
Andrea Bacchi è nominato direttore della Fondazione.
2015
Il Rettore Francesco Ubertini è presidente della Fondazione.
Anna Ottani Cavina viene nominata presidente onorario.
2021
Il Rettore Giovanni Molari è presidente della Fondazione