La Fondazione Federico Zeri è una Fondazione partecipata dell'Università di Bologna. Si sostiene con il finanziamento dell'Università e con contributi privati necessari allo svolgimento della propria attività scientifica.
Le donazioni in denaro alla Fondazione Federico Zeri possono usufruire dell'Art Bonus, un importante beneficio fiscale dedicato ai sostenitori della cultura.