La Fondazione Federico Zeri è una Fondazione partecipata dell'Università di Bologna. Si sostiene con il finanziamento dell'Università e grazie al generoso contributo di privati che garantisce lo svolgimento della propria attività scientifica.
Le donazioni in denaro alla Fondazione Federico Zeri, anche di modesta entità, possono usufruire dell'Art Bonus, un importante beneficio fiscale dedicato ai sostenitori della cultura.