L'archivio degli allegati è costituito dai numerosi documenti rintracciati tra le fotografie di Zeri. Sono appunti di lavoro, perizie, relazioni di restauro, opuscoli, estratti, corrispondenza con collezionisti, antiquari e studiosi, bozze di articoli e di saggi.

Questo materiale, legato sia fisicamente sia per gli argomenti trattati alle fotografie, integra le informazioni sulle opere d'arte fornite dalla Fototeca e dalla Biblioteca di Zeri e aggiunge dati importanti per ricostruire una storia culturale del Novecento.
Il nucleo più prezioso è costituito da 320 perizie dattiloscritte di cui Zeri ha conservato copia nella sua fototeca.

La Fondazione ha implementato il proprio software di catalogazione con un modulo  che permette di descrivere i singoli documenti e di collegarli alle schede delle opere d'arte cui si riferiscono. Attualmente, attraverso il Catalogo Documenti Allegati, è possibile consultare i materiali allegati alla Fototeca effettuando ricerche sugli autori, i destinatari, la tipologia, l'argomento e la cronologia dei documenti. Nei casi più significativi la scheda descrittiva è accompagnata dall'immagine digitale.

Il progetto è stato realizzato grazie al contributo del Ministero per i Beni e le Attività Culturali, Direzione Generale per gli Archivi.
Si intende completare questo database con i documenti rintracciati nella Biblioteca.
 
Parallelamente la Fondazione raccoglie lettere, articoli, expertise, in originale o in copia, che documentino il percorso e l'attività di Federico Zeri sul versante della ricerca storico artistica e su quello della salvaguardia del patrimonio.
In particolare, la Fondazione è interessata a ricostruire gli epistolari di Zeri con studiosi, collezionisti, antiquari, istituzioni.
I materiali raccolti verranno archiviati e catalogati secondo le normative internazionali sulla descrizione di documenti. Nel rispetto della privacy, saranno resi parzialmente accessibili alla consultazione attraverso il catalogo online.